R相關(guān)軟件及R包安裝

發(fā)稿時(shí)間：2020-06-11來源：天昊生物

天昊生信團(tuán)近2個(gè)月以來，在公眾號發(fā)表了一些原創(chuàng)的生信教程類文章，收到不少客戶的點(diǎn)贊關(guān)注。從源碼下載數(shù)量看，大部分老師都有練習(xí)過。從入群人數(shù)和源碼下載數(shù)量看，大約有35%的客戶數(shù)據(jù)分析基礎(chǔ)薄弱，主要是因?yàn)闆]有好的工具進(jìn)行練習(xí)。編程上有句俗話“沒有敲夠1萬行代碼，就不算入門”。為了讓客戶練習(xí)滿意，我們這里提供一份《R相關(guān)軟件及R包安裝》說明文檔，拿走不謝哦。

一軟件安裝

我們平常在PC機(jī)上編寫和運(yùn)行R代碼，通常都是在Rstudio上運(yùn)行的（畢竟R自帶的環(huán)境操作起來不是方便）。但是單獨(dú)安裝Rstudio是沒有辦法運(yùn)行的，需要先安裝R，再安裝Rstudio，才可以順利運(yùn)行。以下是云盤上存儲的軟件，各位看官可關(guān)注公眾號獲取。軟件安裝僅需點(diǎn)擊exe文件后一直點(diǎn)擊下一步至完成安裝。

R-3.6.1-win.exe：R自帶的操作環(huán)境3.6.1版本，目前已經(jīng)更新至R4.0，但不推薦使用；Rstudio35.exe: R的專用IDE,與R-3.6.1匹配，推薦安裝。Rtools35.exe：一個(gè)適用于R的Windows平臺工具鏈，部分包的安裝需要用到Rtools。Rtools35與R-3.6.1-win.exe版本已匹配。

二 Rstudio軟件使用

RStudio是R的專用IDE，具有語法高亮、代碼自動補(bǔ)全、快捷操作、數(shù)據(jù)查看等功能。

1. 界面介紹

RStudio界面分為左上源碼編輯、腳本顯示，左下代碼執(zhí)行、控制臺，右上代碼歷史記錄、數(shù)據(jù)對象列表，右下代碼組織管理、包安裝、更新、繪圖。腳本區(qū)與運(yùn)行區(qū)域是分離的，可以方便我們修改腳本。

2. 使用介紹File -> New File -> R script 新建了一個(gè)R腳本，如上圖所示，這個(gè)時(shí)候我們就可以編寫R代碼。也可以通過Open File打開一個(gè)已有的R腳本。

運(yùn)行腳本命令

1、從頭到尾運(yùn)行整個(gè)代碼：在左上角代碼區(qū)，可以全選代碼，點(diǎn)擊run；

2、運(yùn)行某一行代碼：鼠標(biāo)點(diǎn)擊該行任意位置，點(diǎn)擊run；

3、查看某個(gè)變量的值：選中該變量，點(diǎn)擊run。如下圖所示：

快捷鍵使用Rstudio 使用的快捷鍵比較多，這里我們挑選2個(gè)比較有用的快捷鍵講。

1、Ctrl + Enter 運(yùn)行腳本

2、Ctrl + Shift + C 單行或多行注釋（或者取消注釋）

三

R包安裝與加載

R語言的使用，很大程度上是借助各種各樣的R包的輔助，從某種程度上講，R包就是針對于R的插件，不同的插件滿足不同的需求。

1. CRAN安裝

CRAN為Comprehensive R Archive Network(R綜合典藏網(wǎng))的簡稱。它除了收藏了R的執(zhí)行檔下載版、源代碼和說明文件，也收錄了各種用戶撰寫的軟件包。CRAN安裝通常使用install.packages 安裝。程序包時(shí)，由于默認(rèn)選擇國外CRAN鏡像，會導(dǎo)致下載程序包特別慢，經(jīng)常導(dǎo)致安裝失敗?？梢赃x擇國內(nèi)鏡像安裝。

In [1]:

install.packages('ggplot2')

如上所示，R包ggplot2就已經(jīng)安裝成功了。但有的包下載速度慢，導(dǎo)致下載失敗也是有可能的，通常就要選擇一個(gè)鏡像來安裝了。以下是世界各地的鏡像網(wǎng)址https://cran.r-project.org/mirrors.html ，這里我們選擇中國區(qū)域的就行。

2. bioconductor安裝

Bioconductor是基因組數(shù)據(jù)分析相關(guān)的軟件包倉庫，需要用專門的命令進(jìn)行安裝。source("https://bioconductor.org/biocLite.R") #安裝核心軟件包BiocInstaller::biocLite("packagename") #安裝特定的軟件包
3. github安裝

不是所有的R包都提交上傳到CRAN，如Github，需要通過一定的渠道進(jìn)行安裝。install.packages("devtools")library(devtools)install_github("RevolutionAnalytics/RHadoop")安裝Github會遇到很多問題，比如作者刪除了提交信息、R版本不再匹配、需要安裝相應(yīng)的Rtools、R包安裝過程中部分包被占用無法安裝、安裝的R包版本等級太低等。需要根據(jù)錯(cuò)誤提示解決。

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