SSR研究進展 12月集錦（一）

發(fā)稿時間：2019-12-24來源：天昊生物

1、利用SSR標記分析高含油量甘藍型油菜種質(zhì)資源遺傳多樣性

作者：薛艷，李英諶，國鵬，張星，陳喬，何忠軍，王風敏，李虎作者單位：1. 漢中市農(nóng)業(yè)科學(xué)研究所 2. 漢中職業(yè)技術(shù)學(xué)院出版日期：2019-12-3為揭示高油甘藍型油菜種質(zhì)資源的遺傳背景,明確各材料間的遺傳距離,加快陜南地區(qū)高油育種進程,利用20對甘藍型油菜首選的簡單重復(fù)序列(simple sequence repeat,SSR)核心引物,對陜南地區(qū)65份含油量達40.58%~53.52%的甘藍型油菜育種材料進行遺傳多樣性分析,利用NTSYS-pc1.10e計算材料間多態(tài)性信息含量指數(shù)(PIC),并用非加權(quán)配對算術(shù)平均法(unweighted pair group method using arithmetic average,UPGMA)對材料進行聚類分析?結(jié)果表明,從20對SSR核心引物中共篩選出7對最佳引物,平均每對引物檢測到7個條帶?供試材料的PIC值分布在0.33~0.86范圍內(nèi),平均值0.58?聚類分析結(jié)果表明,在相似系數(shù)為0.54處將65份供試材料劃分為兩大類群?供試材料的遺傳距離較近,不利于陜南地區(qū)高油甘藍型油菜的育種工作?加強種質(zhì)創(chuàng)新,引進外來優(yōu)良種質(zhì)資源并加以改造利用是提高陜南地區(qū)高油甘藍型油菜育種水平的根本途徑?               

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2、Analysis of genetic diversity of ancient Ginkgo populations using SSR markers (利用SSR標記分析古銀杏群體的遺傳多樣性)

作者：Qi Zhou; Kemin Mu; Zhouxian Ni; Xinhong Liu; Yingang Li; Li-an Xu

作者單位：1. Co-Innovation Center for Sustainable Forestry in Southern China, Nanjing Forestry University (南京林業(yè)大學(xué)中國南方可持續(xù)林業(yè)合作創(chuàng)新中心), 2. Zhejiang Academy of Forestry (浙江省林業(yè)科學(xué)研究院)

影響因子: 4.191

出版日期：2019-12-4

Ginkgo biloba L., a famous relict plant, is the only surviving species of Ginkgopsida. To explore the genetic variation of geographic populations and possible refuges of Ginkgo during the glacial period, 216 samples from 6 ancient populations and 2 cultivated populations were analyzed using 22 simple sequence repeat (SSR) markers. A total of 231 alleles were detected at the 22 SSR loci, and the average expected heterozygosity (He) was 0.808, indicating a high level of genetic diversity. The STRUCTURE, phylogenetic tree and principal coordinate analysis (PCoA) results showed that the 8 populations could be divided into 2 groups, namely, the eastern group (TM, NJ and PZ) and southwestern group (PX, DY, MJ, FG and WC). The eastern and southwestern groups had 15 and 14 unique alleles, respectively. Among the populations, population TM from the east had the highest genetic diversity and allelic richness, and 9 rare alleles and 8 unique alleles were detected in this population. Although the genetic diversity of population WC from the southwest was lower than that of population TM, 8 rare alleles and 2 unique alleles were detected in WC. It was speculated that the areas of population TM in the east and population WC in the southwest were refuges during the glacial period. In addition, a total of 7 unique alleles were detected in the 2 cultivated populations from the east, suggesting that there may have been other refuge areas during the glacial period.

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3、多裂駱駝蓬葉片轉(zhuǎn)錄組分析

作者：夏銘澤, 張雨, 余靜雅, 張發(fā)起

作者單位：1. 中國科學(xué)院西北高原生物研究所高原生物適應(yīng)與進化重點實驗室 2. 中國科學(xué)院大學(xué)生命科學(xué)學(xué)院

出版日期：2019-12-9

多裂駱駝蓬為西北荒漠地區(qū)常見植物，具有抗風固沙、防止水土流失、抑菌殺蟲和抗腫瘤等功效。為了增加駱駝蓬屬植物開發(fā)利用的強度，彌補其基因功能、代謝通路等分子生物學(xué)研究層面的空缺，該研究利用Illumina高通量測序平臺對多裂駱駝蓬葉片進行轉(zhuǎn)錄組測序，根據(jù)測序結(jié)果進行轉(zhuǎn)錄組數(shù)據(jù)拼接、功能注釋、序列水平和表達水平等分析。本次研究共獲得7 723 653 900 bp核苷酸序列信息，拼接組裝得到78 641條Unigene，預(yù)測出55 535條CDS序列。與多個數(shù)據(jù)庫對比后，獲得33 184個NR數(shù)據(jù)庫注釋信息；31 835個GO數(shù)據(jù)庫注釋信息；17 206個KOG數(shù)據(jù)庫Unigene功能分類信息；7 617個KEGG數(shù)據(jù)庫代謝通路注釋信息。對單核苷酸多態(tài)性位點和微衛(wèi)星信息進行檢測分析，共發(fā)現(xiàn)86 113個SNP位點，6 987個SSR信息。本研究首次獲得并分析了多裂駱駝蓬的轉(zhuǎn)錄組數(shù)據(jù)，通過基因比對、CDS預(yù)測、通路注釋、SNP檢測和SSR檢測等方法，對該植物的基因、通路以及分子標記等方面有了初步的認識，為本種植物后續(xù)研究及資源的開發(fā)利用奠定基礎(chǔ)。

期刊首頁網(wǎng)址：http://biopublisher.cn/index.php/mpb/index4、懸鉤子屬(Rubus.L)種質(zhì)資源DNA指紋圖譜構(gòu)建及遺傳多樣性分析作者：王珊珊, 耿佳麒, 趙晨輝, 宋宏偉, 梁英海, 李紅蓮, 唐雪東, 張冰冰作者單位：1. 吉林省農(nóng)業(yè)科學(xué)院果樹研究所 2. 長春大學(xué)園林學(xué)院 3. 吉林農(nóng)業(yè)大學(xué)園藝學(xué)院

出版日期：2019-12-11

利用SSR分子標記技術(shù),經(jīng)毛細管電泳法檢測PCR產(chǎn)物,構(gòu)建了94份懸鉤子屬(Rubus.L)種質(zhì)資源DNA指紋圖譜,并對其遺傳多樣性進行分析。結(jié)果表明,從40對引物中篩選出13對SSR引物,其多態(tài)性高,穩(wěn)定性好,共擴增出242個等位基因,多態(tài)性位點為242個,多態(tài)性比率達100%,檢測到的位點數(shù)在11～27之間,平均為18.615 4;多態(tài)性信息含量(PIC)值變幅在0.635 3～0.915 1之間,平均為0.761 5;聚類分析中,在閾值為0.89處可分為2類,第1類主要為牛迭肚野生資源,第2類主要為栽培品種資源,在0.885處又可細分為2小組,包括國外引進品種資源,國內(nèi)選育品種(品系)和野生庫頁懸鉤子資源;該指紋圖譜的構(gòu)建和遺傳多樣性分析,為懸鉤子屬種質(zhì)資源開展深入研究奠定基礎(chǔ)。

5、利用SSR標記鑒定芹菜新品種‘HBN-01’和‘HBN-02’的種子純度作者：高越，劉雙，趙新，劉娜，朱珠，王永，蘭青闊作者單位：1. 河北農(nóng)業(yè)大學(xué)植物保護學(xué)院 2. 天津市農(nóng)業(yè)科學(xué)院 3. 天津市農(nóng)業(yè)質(zhì)量標準與檢測技術(shù)研究所出版日期：2019-12-11為了快速鑒定兩個雜交芹菜品種‘HBN-01’以及‘HBN-02’種子純度情況，本研究以雜交F1代及其父母本為材料，采用CTAB快速提取法提取DNA，基于SSR （simple sequence repeat）分子標記技術(shù)篩選出合適引物，對芹菜雜交品種進行種子純度鑒定。結(jié)果發(fā)現(xiàn)，從候選78對引物中，共篩選出2組引物（celerySSR-25和celerySSR-61），可以使芹菜品種‘HBN-01’和‘HBN-02’及其親本的帶型具有互補多態(tài)性。兩組特異性引物可相互驗證兩個雜交品種的種子純度情況。應(yīng)用該方法對芹菜品種‘HBN-01’和‘HBN-02’種子純度檢測結(jié)果顯示，‘HBN-01’品種純度為93.33%；‘HBN-02’品種純度為99.00%。因此通過SSR分子標記技術(shù)，可在室內(nèi)快速準確鑒定出芹菜雜交品種‘HBN-01’和‘HBN-02’的種子純合情況，為今后芹菜品種純度的鑒定以及芹菜的育種篩選提供便利以及技術(shù)支持。

6、基于高通量測序的柚木邊材轉(zhuǎn)錄組分析作者：楊光，梁坤南，黃桂華，周再知，王西洋作者單位：中國林業(yè)科學(xué)研究院熱帶林業(yè)研究所出版日期：2019-12-7本研究利用Illumina HiseqTM 4000測序平臺對柚木（Tectona grandis L.F.）邊材組織進行轉(zhuǎn)錄組測序，獲得39.65 Gb的數(shù)據(jù)。拼接組裝共得到90 843個Unigene，平均長度、N50以及GC含量分別為1 415 bp，2 208 bp和41.28%。將獲得的Unigene與七大功能數(shù)據(jù)庫進行比對，分別有64 416 （NR: 70.91%）、69 281 （NT: 76.26%）、28 777 （COG: 31.68%）、18 630 （GO: 20.51%）、49 594 （KEGG: 54.59%）、44 707 （Swissprot: 49.21%）以及50 938 （Interpro: 56.07%） 個Unigene獲得功能注釋。經(jīng)過GO數(shù)據(jù)庫的比對分析，18 630個Unigene被注釋到生物過程、細胞組分和分子功能3大類別55個亞類。與COG數(shù)據(jù)庫進行比對分析，28 777個注釋Unigene按功能被劃分為25類。基于KEGG數(shù)據(jù)庫，44 595個Unigene序列注釋到6大類，21個亞類代謝通路中。根據(jù)注釋結(jié)果預(yù)測出2 772個編碼轉(zhuǎn)錄因子的Unigene，檢測出26 773個SSR位點，以及39 856個SNP位點。本研究為柚木分子育種工作的開展提供數(shù)據(jù)和參考。

期刊首頁網(wǎng)址：https://xuebao.imau.edu.cn/7、內(nèi)蒙古東部地區(qū)文冠果遺傳多樣性與親緣關(guān)系分析作者：德永軍，姬媛媛，張佳敏，涂姝月，賈文龍，徐小焱，李宇航，包文泉作者單位：內(nèi)蒙古農(nóng)業(yè)大學(xué)林學(xué)院出版日期：2019-12-12文冠果為中國北方重要生態(tài)和能源樹種,內(nèi)蒙古東部是人工栽培最早和面積最大的地區(qū),也有千余畝集中分布的天然林,對其不同居群間的遺傳結(jié)構(gòu)分析具有重要意義。本實驗材料選自內(nèi)蒙古東部主要栽培區(qū)的8個不同樣地共231個樣本,采用SSR分子標記技術(shù)進行遺傳多樣性和親緣關(guān)系分析。結(jié)果表明:(1)T-Z-R1977與C-A-R2010居群的文冠果遺傳多樣性偏高,C-A-R2007居群的文冠果遺傳多樣性最低。(2)C-A-R2010與C-A-R1974兩個居群間親緣關(guān)系最近,C-W-R1973與C-Z-T兩個居群間親緣關(guān)系最遠。(3)在相似系數(shù)為0.73處進行聚類,可以聚為3類:C-Z-T與C-Z-R1972為一類,C-A-R1974、C-A-R2010、C-W-R1973、X-Q-R1976為第二類,C-A-R2007與T-Z-R1977為第三類。

8、黃顙魚(Pelteobagrus fulvidraco)全基因組微衛(wèi)星分布特征研究

作者：徐杰杰，鄭翔，李杰，尹紹武，王濤

作者單位：南京師范大學(xué)海洋科學(xué)與工程學(xué)院出版日期：2019-12-6本研究利用NCBI上已公布的黃顙魚全基因組測序結(jié)果,使用MISA軟件對黃顙魚全基因組的微衛(wèi)星進行篩選并分析;結(jié)合MISA文件和基因組gff注釋文件通過編寫腳本定位微衛(wèi)星在基因組的位置,并對外顯子區(qū)含有微衛(wèi)星的基因進行GO注釋和KEGG富集。在黃顙魚基因組713 810 725 bp序列中,共篩選出418 550個完整型的微衛(wèi)星,其長度為12 974 321 bp,占基因組序列總長度的1.8%,相對豐度為586個/Mb。在1～6不同堿基重復(fù)類型微衛(wèi)星中,二堿基重復(fù)數(shù)目最多,共173 177個,占微衛(wèi)星總數(shù)的41.38%。然后依次是單堿基(40.26%)、四堿基(9.37%)、三堿基(7.63%)、五堿基(1.15%)和六堿基(0.21%)?；蚪M中重復(fù)數(shù)目最多的10種微衛(wèi)星類別依次為:T、A、AC、TG、GT、CA、TC、TA、AG和AT。同時通過對基因組微衛(wèi)星進行定位,16 381個微衛(wèi)星定位在基因外顯子上,并分布在3853個基因上。GO注釋結(jié)果顯示注釋到分子功能的基因數(shù)目最多,富集前10的條目主要與電壓門控鈉通道復(fù)合物、電壓門控鈉通道活性和蛋白去磷酸化有關(guān)。KEGG富集分析顯示共富集到21個通路,其中Hippo信號通路最為顯著。研究結(jié)果為今后黃顙魚微衛(wèi)星標記的開發(fā)以及微衛(wèi)星的定位功能等提供了一定的理論基礎(chǔ)。

 

 

期刊首頁網(wǎng)址：http://www.scdwzz.com/index.aspx9、基于轉(zhuǎn)錄組測序的大熊貓多態(tài)性微衛(wèi)星標記篩選作者：涂洪梅，周闖，王冠楠，成美玲，岳碧松，孟楊作者單位：四川大學(xué)生命科學(xué)學(xué)院生物資源與生態(tài)環(huán)境教育部重點實驗室出版日期：2019-12-9本研究結(jié)合已公布的大熊貓Ailuropoda melanoleuca基因組和本實驗室所測6只大熊貓的轉(zhuǎn)錄組數(shù)據(jù)，篩選多態(tài)性微衛(wèi)星位點并分析其組成及特征。結(jié)果顯示：共獲得326個多態(tài)性微衛(wèi)星位點，其中二堿基多態(tài)性微衛(wèi)星最多，共有228個，占69.93%；三、四、五、六堿基所占比例分別為9.51%、14.11%、5.21%、1.22%。根據(jù)分析結(jié)果中缺失率與標準差2項指標以及位點序列長度，選取20個多態(tài)性二堿基微衛(wèi)星位點，用于25只大熊貓個體血液DNA進行PCR驗證并做后續(xù)分析。結(jié)果表明：不同位點的等位基因數(shù)為2～8，平均等位基因數(shù)為3.70，觀測雜合度、期望雜合度分別為0～1.000、0.280～0.784，平均值分別為0.472和0.532。在Bonferroni校正后，證實4個位點顯著偏離哈迪-溫伯格平衡，所有位點未觀察到顯著連鎖不平衡(P> 0.01)。20個位點多態(tài)信息含量(PIC)在0.246～0.734，其中具有高度多態(tài)性的位點9個(PIC>0.5)，11個位點呈中多態(tài)性(0.2。本研究篩選的微衛(wèi)星位點有助于評估大熊貓的遺傳多樣性和種群結(jié)構(gòu)，并制定有效的保護和管理策略。該方法也可為后續(xù)開發(fā)更多優(yōu)良微衛(wèi)星位點用于大熊貓種群遺傳學(xué)研究提供資源。

 

 

期刊首頁網(wǎng)址：https://www.sciencedirect.com/journal/legal-medicine10、Analyzing genetic polymorphism and mutation of 44 Y-STRs in a Chinese Han population of Southern China（中國南方漢族人群44 Y-STRs基因多態(tài)性及突變分析）作者：Hanguang Lin; Qiansu Ye; Peizhi Tang; Tian Mo; Xin Yu; Jianpin Tang作者單位：1. Department of Forensic Medicine, Guangdong Medical University（廣東醫(yī)科大學(xué)法醫(yī)學(xué)系） 2. Center of Forensic Sciences, Bureau of Public Security of Guangxi Zhuang Autonomous Region（廣西壯族自治區(qū)公安局法醫(yī)學(xué)中心）3. Health Gene Technologies Co. Ltd. (中國寧波健康基因技術(shù)有限公司) 4. Department of Criminal Investigation, Bureau of Public Security of Guilin City (中國桂林市桂林市公安局刑事偵察處)影響因子：1.404出版日期：2019-12-5Short tandem repeat on the non-recombining part of chromosome Y with paternally inheritable capability is a valuable tool in the studies of forensic genetics, population genetics and anthropology. The mutation rate of Y-STR is an important parameter in the applications. A total of 629 haplotypes at 44 Y-STR markers were found in 629 unrelated males of our population. Mutation rates at 44 Y-STR loci ranged from 0 to 40.63 × 10^?3 in our population. A higher mutation rate was noted at DYS612, DYS449, DYS547, DYS518, DYS576, DYS627, DYF403S1b, DYF387S1, DYS385a/b, DYS527a/b, DYF404S1, DYF403S1a and DYF399S1 in this population. The Y-STR set showed a higher discrimination capacity in forensic applications, and the present study provided reference data for the application of forensic and population genetics.

 

 

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11、Genetic polymorphisms of 19 autosomal STR loci in 3510 individuals from Han population of Zhejiang province, Southeast China（浙江漢族3510人19個常染色體短串聯(lián)重復(fù)序列基因座的遺傳多態(tài)性）

作者：Yan Wang; Fang Chen; Ying Fu; Shuai Zhang; Honghe Zhang; Maode Lai; Enping Xu

作者單位：1. Department of Pathology and Pathophysiology, Key Laboratory of Disease Proteomics of Zhejiang Province, Zhejiang University School of Medicine（浙江大學(xué)醫(yī)學(xué)院浙江省疾病蛋白質(zhì)組學(xué)重點實驗室病理與病理生理學(xué)系） 2.  Forensic Center, Zhejiang University School of Medicine（浙江大學(xué)醫(yī)學(xué)院法醫(yī)中心）

影響因子：1.99

出版日期：2019-12-5

A number of autosomal STR loci data on Zhejiang have been published in previous studies, there is no data about the STR loci of Goldeneye? 20A kit in Zhejiang Han population has been reported up to now. In this study, a total of 3510 unrelated healthy individuals were collected from Zhejiang after acquiring their informed consent. Genomic DNA was extracted from peripheral blood samples, buccal swabs or hair using Chelex-100 protocol and amplified by using the Goldeneye?  DNA ID System 20A in the GeneAmp PCR System 9700 according to the manufacturer’s instructions. Each batch of experiments were set up simultaneously with the negative and positive PCR controls. PCR products were detected by ABI PRISM 3130 Genetic Analyzer and ABI PRISM 3130xL Genetic Analyzer(Life Technologies). The system can simultaneously amplify 19 autosomal STR loci, including D19S433, D5S818, D21S11, D18S51, D6S1043, D3S1358, D13S317, D7S820, D16S539, CSF1PO, Penta D, TH01, vWA, D8S1179, TPOX, D2S1338, D12S319, FGA and Penta E as well as a gender identification locus of amelogenin. Allele identification and data analysis were acquired by GeneMapper? ID v.3.2 software (Applied Biosystems, Foster City, CA, USA). The analysis of the DNA polymorphisms and assignment of nomenclature were based on the ISFG recommendations. The results indicated that there is high population differentiation between Zhejiang Han and Ethnic minorities in China. We reported the allele frequencies and forensic parameters of 19 STR loci of the Zhejiang Han population. This data can contribute to the establishment and perfection of reference database for forensic applications in Zhejiang. In addition, the system of 19 autosomal STR loci is polymorphic and it serves as an informative and efficient tool for the research and application in forensic science.

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