【繪圖進階】之帶連線的箱體圖繪制(8)

發(fā)稿時間：2020-08-21來源：天昊生物

上回我們使用ggpaired包繪制成對樣品（2組）的箱體圖，但ggpaired只能繪制2個箱體圖，有老師希望能繪制連續(xù)時間上物種的變化。這里，我們展示4組之間的箱體圖繪制結(jié)果。

In[1]:

library(ggplot2)

 

read.table讀取文件，head查看文件頭部

In[2]:

data = read.table('alpha.diversity.index.xls',header = T,sep = 't',row.names = 1)
head(data)

Out[2]:

查看文件列名

In[3]:

rownames(data)

Out[3]:

'A1' 'A2' 'A3' 'A4' 'A5' 'A6' 'B1' 'B2' 'B3' 'B4' 'B5' 'B6' 'C1' 'C2' 'C3' 'C4' 'C5' 'C6' 'D1' 'D2' 'D3' 'D4' 'D5' 'D6'

In [4]:

apply(data,2,sum)

Out[4]:

In [5]:

apply(data,2,function(x){ df = data.frame(x,group=rep(c('A','B','C','D'),each = 6),sub_group=as.factor(rep(1:6,times  = 4)))
                        ggplot(data = df,aes(x=group,y=x,fill=group)) + geom_boxplot() +
                        geom_point(aes(colour=sub_group),size=4) +    
                        geom_line(aes(group=sub_group,colour=sub_group) ,size=0.8,) 
                        })

Out[5]:

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